相较于一般贸易企业利用信息不对称、地域及时间差异所产生的商品差价从中赚取利润，供应链企业则可通过收取服务费及商品价差等多渠道获取利润，而服务费主要通过以下两方面获得：
一方面，供应链企业在提供的供应链服务过程中对各流程进行管理，可为客户节省采购、物流配送、产品分销等环节成本，同时提供进通关、库存管理等附加服务，因此，可向客户按照业务量收取一定服务费，具体比例可按照与客户协议而定。服务费包括装载费、运输费、报关费、检疫费等，可根据客户需求提供更多增值及额外服务。由于具体企业收费模式存在差异，因此无统一收费标准。
另一方面，供应链流程包括资金流管理服务，供应链贸易企业可为客户提供结算配套服务及一定信用支持，并按照一定比例收取费用，即供应链金融服务。企业可根据客户信誉度提供信用额度，提供一定的垫资额度，而垫资周期结合采购生产周期，通常按单笔业务结算，从实际情况来看，可对客户收取一定保证金，剩余货款为垫付。
